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在出口报关单双抬头的情况下，工厂作为生产销售单位进行退税，需要遵循一定的流程和方法。以下是工厂出口报关单退税的详细步骤：

一、准备相关证件和材料

1. 出口报关单：确保报关单上的信息准确无误，特别是“生产销售单位”一栏应正确填写工厂的名称和编码。
2. 出口销售发票：根据销售合同填开的单证，是外商购货的主要凭证。
3. 进货发票：确定出口产品的供货单位、产品名称、计量单位、数量的重要凭证。
4. 结汇水单或收汇通知书：证明货款已经收到的文件。
5. 其他相关单证：如出口货物运单、出口保险单等，根据具体情况提供。

二、办理退税登记

1. 取得出口经营权：工厂需先取得出口经营权，这是办理退税的前提。
2. 办理退税登记：在取得出口经营权后，工厂应于30日内向税务机关办理出口企业退税登记，领取并填写“出口企业退税登记表”，连同相关证明资料一起报送税务机关。税务机关审核无误后，将受理登记并核发“出口退税登记”。

三、申请退税

1. 取得代理出口货物证明：如果工厂是委托外贸公司或外贸综合服务企业出口，需要向受托方索要《代理出口货物证明》。这个证明是受托方在税务局申请的，可以直接在外贸退税申报软件上进行申请，完成后信息会同步到工厂的退税申报系统里。
2. 提交退税申请：工厂在货物出口并收齐相关单证后，需在规定期限内向税务机关提交退税申请。申请时需提供完整的退税申请资料，包括但不限于出口报关单、出口销售发票、进货发票、结汇水单或收汇通知书以及《代理出口货物证明》（如适用）。
3. 退税审核与办理：税务机关将对工厂提交的退税申请进行审核，审核无误后将办理退税手续。退税款将直接退还给工厂指定的银行账户。

四、注意事项

1. 确保单证齐全且真实有效：工厂在申请退税前，需确保所有单证齐全且真实有效，避免出现因单证问题导致的退税失败。
2. 关注退税政策变化：退税政策可能会随着国家政策的调整而发生变化，工厂需及时关注并了解最新的退税政策，以便及时调整退税策略。
3. 加强内部管理：工厂应加强内部管理，确保退税流程的规范性和合规性，避免出现因内部管理不善导致的退税风险。

综上所述，工厂在出口报关单双抬头的情况下进行退税，需要准备相关证件和材料、办理退税登记、提交退税申请并关注退税政策变化。同时，加强内部管理也是确保退税顺利进行的重要保障。